谁了解矩阵？
同时，这三部曲也是一部伟大的人类思想史，从一个善恶对立的世界，到一个善恶关系模糊的世界，直到善恶对立完全消失，走向你我合一，这是人类发展的大趋势，而带有阴阳花纹的先知耳环就说明了这一点。
《决战》讲的是中国传统儒道佛三合一的文化，一种舍欲求“和”的理想。尼奥在地铁站昏迷，引出了印度女孩赛迪。与此同时，崔妮蒂等人找到了梅洛温加，迫使他释放了尼奥，并用爱再次拯救了他。先知告诉尼奥，现在只有他能拯救虚拟和现实世界，而史密斯是尼奥的对立面，然后一群史密斯入侵了先知。锡安正在被机器攻击，被困的Logos飞船有消息了。米吉奥尼人带着尼奥和他的队伍去帮助尼奥比。此时尼奥已经意识到自己应该做什么，于是在锡安议会的压力下要求深入机器城与机器谈判。尼奥比知道这是她必须帮助尼奥的时刻，并把她的Logos ship给了Nitrey，这样他们就可以尝试改变锡安以前的循环。但就在这个时候，被史密斯附身的伯恩杀死了照顾他的医生，潜伏在逻各斯飞船上。
然后是双线叙事。一方面是锡安之战，仁人志士鞠躬尽瘁，包括谎报年龄的16岁少年和英雄家族。另一边，尼奥和三一按照尼奥的预感深入机器城，拜恩出现在路上。在与他的战斗中，尼奥失明了，摧毁了最后的感官欺骗，但他能用心灵感受到眼前的一切。在与众多机器水母的战斗中，三一穿过乌云，看到了太阳，但当逻各斯到达机器核心时，她却死于机器水母的攻击。锡安的战斗已经到了最后时刻，人类所有反抗的方式都已经用尽，准备献出生命。尼奥与机器谈判，要求机器与人类和解，他将制服史密斯，两个世界之间将会有和平。谈判的瞬间，机器的攻击停止了，墨菲斯知道尼奥成功了，率先放下了武器。
在《雷雨》中，尼奥与史密斯展开了一场战斗。这是一个史密斯的世界。作为他的对立面，尼奥显然不可能是他的对手。在战斗的最后时刻，先知出现在史密斯的身体里，说:“一切都得结束。”尼奥这时才明白其中的奥妙，把自己交给了史密斯。当史密斯完成了对尼欧的入侵，湮灭就这样来了。在光明中，两个世界都平静了，机器和人类的生活终于得到了安宁。
如果只把《黑客帝国》系列视为绝技和神话，难免有失偏颇。这个故事一定要有这样的结局，没有巧合，没有戏剧性，因为“勺子不存在”，这个故事其实讲的是人类真实的历史，而不是好莱坞那种高不可攀的梦。从自然科学的角度来看，任何封闭系统都会穷尽其秩序(低熵)，都会走向混沌和混沌(高熵)，被人类和机器毁灭的地球也不例外。当地球资源枯竭时，唯一的出路就是人类和机器共同生存:人类高阶的思维能量会产生低熵供机器使用，而机器则提供人类生活的基本需求。阿西莫夫的《最后一个问题》也有类似的预见:人最终会抛弃自己的肉体，在计算机的帮助下建立一种纯意识的新存在。所以，从这个角度来说，如果人类的肉体不得不在母塔中度过一生，只要他们知道真相并愿意这样做，他们仍然是自由的。母亲和锡安之间的完全和平给了人类自由选择的机会，无论他们想要虚幻的幸福还是真正的沙漠。他们可以自由选择，尊重对方的选择，这才是真正的自由。相对于这种自由，旧版的锡安总是把所有的人都放在贫瘠的地球上，这其实和母亲对人的奴役没什么区别。
从天地大道理解，三位一体的死亡是必然的。她代表了西方基督教文明，这是一种二元对立。“不是东风压倒西风，就是西风压倒东风”的力量，只能造成机毁人亡。她选择听Neo，不是出于世界观，而是出于爱。建立在爱的基础上的基督教，如果从佛教的角度来看是不完整的，是“漏的”，“漏的都是苦的”，她最后必须用自己的生命来承担这个苦果，所以她走不到最后一步。尼欧也必须抛开爱的力量，怀着对世界的怜悯之心，容忍世界上难以容忍的事情——史密斯，从而嘲笑世界上可笑的人——热切等待人类征服机器的观众。看看他们乘坐的船，逻各斯号，这是逻辑，也是希腊文明最辉煌的成就。就这样，一个中西混血儿，在希腊文明和基督教文明的帮助下，达成了这个世界的核心智慧——和解。
北宋思想家张载说:“有斯之象，则正其反，有斯之敌，则敌之和。”先知说斯密是尼欧的对立面，并不是说他们是正面的或负面的。其实占据大镜头的阴阳耳环已经说得很清楚了，Neo是阳，Smith是阴，两者相辅相成，对立统一。Neo在《重装上阵》里收到的勺子已经说了勺子不存在，人和机器应该统一，不应该有战争。所以最后的结果只能是“报复和解”。最后，史密斯进入了Neo，也就是说现在，他们中有我，我中有你，于是一切矛盾都解决了。
黑客帝国三部曲以奴役和仇恨开始。首先讲述了犹太教和基督教的历史。是善与恶的彻底对立，是上帝与撒旦的生死较量。影片设定的场景是希腊化的，是柏拉图的“洞穴寓言”，告诉人们如何定义真理，如何发现真理。尼欧成为救世主，靠的是基督教最强大的爱的力量，所以那一刻，当尼欧在一个伊拉克人的亲吻中复活，他成为了基督教的救世主。
重装上阵是一个存在主义的故事。这是一个“上帝已死”的时代，超人开始怀疑存在的意义。这也是善恶对立的模糊阶段。就像加缪的文学，不是善与恶的对立，而是光明与黑暗的对立，其边界是模糊的。同时，Neo的迷茫也是郭靖的迷茫。什么可以判断好坏？如果自由是好的，那么斯密的破坏性呢？存在主义认为，人的自由是选择的自由，不一定是做什么的选择，也可以是不做什么的选择。不作为比有所为更自由，因为不作为不会得罪别人的所作所为。所以Neo在最后一战没有接受先知的糖果，做出了和第二集相反的决定。
存在主义发展到后来，给西方世界开出的药方是东方文明，这是第三集的基础。梁漱溟认为，人类文明对待“欲”有三种方式。第一种是奋斗，满足欲望，这是西方的方式；二是自我调节欲、中庸、中庸，这是中国儒道之道；第三种是对欲望的限制和消除，这是佛教的道路。这三条路不好也不坏，只是时间问题。中国和佛教都太先进了，所以当人们还想满足欲望的时候，两者都不能成为主流。但是，时代会变，人们最终会意识到，对待欲望的态度必须改变。这个时候儒道的时代就来了，之后就是佛教的时代了。影片从一开始就贯穿了佛教的态度，但人类的实际行为告诉我们，灭欲的时代远在未来，只有中国的中庸之道才是解决当前战斗的办法。这种中庸之道并不像某些观众认为的是对好莱坞的妥协，而是一条通往天地之路。
尼奥意识到他和史密斯本来就是一体的，任何一方的缺失都将是整个世界的毁灭和生命的浪费。没有Neo，机器的霸权将会盛行。没有史密斯，人类会尽一切可能打败机器。它们本来就是一个互相包含的整体，所以最终必然是融合、湮灭或者混合。最终，尼奥的死活不再是问题。关键是他开创了一个新时代。
当我走出电影院时，我感到一种解脱感。这是我看过最真诚的一部电影，最沉重，最感人。它深深震撼着我们的心灵，任何人都可以从中找到自己的东西，所以带着这样的崇敬，我写了《解码@黑客帝国》这本书，让被沃卓斯基兄弟称赞的中国人民知道他们的同情心。
在一片生机勃勃的草原上，建筑师决定给予人类自由选择的权利，先知对和平的信仰得以实现。我们看到的是象征着人类最原始力量的白发人和黑人。他们已经完成了任务。站在他们旁边的是风华正茂的中国人，牵着年轻的印度人。这幅祥和的画面已经说明了一切。